В молитве священника перед Исповедью есть слова (примерно так звучит): “...примири и соедини их со Святой Твоей Церковью во Христе Иисусе... ”. Объясните пожалуйста, что это означает. Мне непонятно. Присутствующие, о которых молится священник в этот момент, они что в каком-то смысле находятся вне Церкви?

Вы правильно мыслите. Все грешники от церкви отлучаются Духом Святым, ведь в церкви не может быть ничего нечистого. А Таинство Покаяния - это как второе крещение, через которое грешник, но кающийся, вновь соединяется с церковью. Вот об этом и молится священник перед началом исповеди. В древние времена именно эта молитва была в православии разрешительной молитвой, где не священник "прощает и разрешает", но он только просит Господа простить грешника своей милостью и долготерпением. "Прощаю и разрешаю" вошло в церковь от католиков.

Спаси Христос!